A város legrégibb neve kelta időből származó Arabona. A németek Raabnak, a törökök pedig ,,Janik Kula", ,,Égett vár"-nak is nevezték.
A rómaiak uralmuk alatt a Rába és a Duna torkolatánál mesterségesen összehordott dombok - a mai Káptalan-dombon erődítményt emeltek, amely azonban a népvándorlás korában teljesen elpusztult. Ezután az avarok építették meg itt gyűrű alakú, sáncokkal körülvett várukat, melyet 791-ben Nagy Károly foglalt el, majd Vastag Károly 855 körül a morva fejedelmességhez csatolt.
A honfoglalás során valószínűleg a fejedelmi törzs szállta meg az elhagyott vidéket. Anonymus A magyarok cselekedeteiről írt művében nem említi Győr várát, ahol I. István király várispánságot szervezett, és megalapította a győri püspökséget is. Ennek épületei a korábbi erődítmények alapjain, feltehetően gerendákból épült, anyaggal tapasztott palánkváron belül helyezkedett el.
III. Henrik német császár Péter elűzése után, 1043-ban nagy haddal támadt Aba Sámuel király ellen. Henrik a Ménfőnél aratott győztes csata után Győr várát is ostrom alá vette és elfoglalta.
1241-ben a várost Frigyes osztrák herceg csapatai, a tatárok pedig 1242-ben dúlták fel.
A IV. Béla király által újra felépített és megerősített várost 1273-ban a Zách nemzetség Felicián ágából származó Jób pécsi püspök, mosonyi főispán embereivel Dénes püspöktől vette el. Tőle viszont ez év áprilisában a Dunán mintegy 100 fegyveressel lehajózott Hacking Marward és Heiligenstadt Konrád foglalták el, és helyeztek el benne német őrséget. IV. László király júniusban visszavette Győr várát, de rövid idő után Ottokár cseh király szállta meg.
Lászlónak csak három év múlva sikerült felszabadítani, Rudolf német császár segítségével.
A vár 1403-ban Kis Károly fiának, Lászlónak hódolt meg, de Zsigmond király Stibor vajdával és a Garaiakkal visszafoglalta.
Hunyadi János és Rozgonyi Simon 1440-ben eredménytelenül ostromolta. Amikor 1440-ben Albert király özvegye, Erzsébet a csecsemő V. Lászlóval Győrbe menekült, Czillei Ulrikot bízta meg a vár megerősítésével. A kifizetetlen zsold miatt azonban az őrség Farkas László és Kollár Péter várkapitányok vezetésével fellázadt, és Győr várát III. Frigyes német-római császár kezére játszotta; csak 1447. június 1-én. A Radkersburgban kötött béke eredményeként került vissza Magyarországhoz.
A mohácsi csatavesztés után előbb János királynak, majd 1527-ben Nádasdy Tamás várkapitány vezetésével Ferdinánd királynak hódolt meg a vár őrsége. Szulejmán császár hadainak közeledtére Lamberg Kristóf várkapitány 1529 szeptemberében a várat felgyújtotta, és a 150 főnyi őrséggel együtt elmenekült. Valószínű, ekkor kapta a török ,,Janik Kula" ,"Égett vár" nevet.
A török terjeszkedése következtében Győr végvár és egyben a dunántúli főkapitányság székhelye lett. A várható támadások miatt szükségessé vált az erődítmények megerősítése és bővítése. I. Ferdinánd 1537-ben Fels Lánárdot bízta meg a várkapitányi teendők ellátásával, aki azonnal megkezdte az erődítési munkálatokat, melyet utána Nádasdy Tamás országod főkapitány és tárnokmester folytatott. I. Ferdinánd 1558-ban nyolc évre békét kötött a törökkel, és ez alatt az idő alatt, mint végvárat elsőrendű erősséggé igyekezett átalakítani. Az új erődítés terveit 1562-ben az olasz származású építész, Pietro Farabosco készítette el, míg a munkálatok irányítói Francesco Benigno és Bernando Gabelli voltak. A terv szerint a régi vár falait meghagyták ugyan, de a fellegvár jellegét megszüntették, és a várost az eddigi palánk helyett téglából rakott erős falakkal vették körül, melynek sarkait öt és két hosszanti oldalt egy-egy fülesbástyával megerősítették.
Az átlag 10 m magas falakat három oldalról mély és széles vizesárok övezte, melybe a Rába vizét vezették.
Megépült a vár három kapuja: a nyugati oldalon a Bécsi, vagy Rába-, a déli oldalon a Fehérvári, vagy Sokorói és az északi a Duna-, vagy Rév-kapu. A Bécsi és a Fehérvári kapuk felvonóhidasok voltak. Felépült a nyugati oldalon a Sforza-félbástya, és az északnyugati szögletén a kastély-bástya, az északi oldalon a Duna-bástya, az északkeleti szögletén a Szentdombi-bástya, a keleti oldalon a közép-bástya, a délkeleti sarkon a Új-bástya, a déli oldalon a Császár-bástya, és a délnyugati sarkon a Magyar-bástya.
A török Szinán pasa vezetésével 1594. szeptember 29-én 60 napi ostrom után Hardegg Ferdinánd várparancsnoktól és Perlin Miklós sáncmestertől a várat elfoglalta. Emiatt Mátyás főherceg őket árulóknak nyilvánítva fogságba vetette, majd 1595. június 16-án Bécsben mindkettőjüket lefejeztette. A török a vár elfoglalása után azonnal megkezdte az ostrom során keletkezett sérülések kijavítását. Négy év múlva, 1598. március 29.-re virradó éjjel Pálffy Miklós komáromi várkapitánynak és Schwarzenberg Adolfnak, a bécsi várőrség parancsnokának egyesített seregeinek sikerült visszafoglalnia úgy, hogy a francia Vaubcourt alezredes által petárdával berobbantott kapun behatolva a várat megszállták.
Az ostrom során megsérült védőművek kijavítását, korszerűsítését azonnal megkezdték, amely munkálatokat az 1660-as években fejezték be. A Bécs ellen vonuló. Musztafa vezette török sereg 1683-ban sikertelenül ostromolta. II. Rákóczi Ferenc szabadságharca idején a jól megerősített Győr várát a kurucok meg sem kísérelték elfoglalni, így az továbbra is a császáriak kezén maradt.
A francia-osztrák háborúban a franciáknak 1809. június 24-én Győrt is sikerült elfoglalniuk. 1809. augusztus 31-én Napóleon császár egy éjszakára itt pihent meg. A bécsi béke eredményeként a franciák október 14-én a városból kivonultak, de előbb a vár erődítményeit felrobbantották, Ezután megszűnt a vár hadi jelentősége, és 1820-ban megkezdték a bástyák és falak lebontását, árkainak betömését.
Ma már csak az egykori kastély-bástya, a Sforza-félbástya, az alatta húzódó néhány kazamata és a káptalan-domb déli oldalán levő házak udvaraiban a XV. századi eredetű belső vár téglafalmaradványai láthatók.
